Die schlechte Wirtschaftslage in den 90er Jahren führte zum Regierungswechsel nach der Bundestagswahl 1998 an eine rot-grüne Koalition. Kohl legte nach der Wahlniederlage den Parteivorsitz nieder. Sein Nachfolger wurde Wolfgang Schäuble, neue Generalsekretärin wurde Angela Merkel. Nach dem Regierungsverlust sorgte 1999 die Spendenaffäre für eine weitere Krise der CDU.
Kernpunkte der Union im neuen Jahrtausend sind notwendige Reformen in der Steuer- Wirtschafts- Arbeitsmarkt- Sicherheits- und Bildungspolitik. Bundespolitisch unterlag die CDU/CSU bei der Bundestagswahl 2002 mit ihrem Kanzlerkandidaten Edmund Stoiber. Bei der Bundestagswahl 2005 gelingt der CDU/CSU schließlich in einer Großen Koalition mit der SPD der Einzug in den Bundestag. Angela Merkel wird die erste Kanzlerin der Bundesrepublik Deutschland. 2008 wird sie im Amt bestätigt. Ein Regieren ist jedoch nur in Koalition mit der FDP möglich.
CDU-Regierungvorsitz 2011 auf Länderebene:
| Bundesland |
Regierungsvorsitz |
| Baden-Würtemberg |
Winfried Kretzschmann (B90/Grünen) |
| Bayern |
Horst Seehofer (CSU) |
| Berlin |
Klaus Wowereit (SPD) |
| Brandenburg |
Matthias Platzeck (SPD) |
| Bremen |
Jens Böhrnsen (SPD) |
| Hamburg |
Olaf Scholz (SPD) |
| Hessen |
Volker Bouffier (CDU) |
| Mecklenburg-Vorpommern |
Erwin Sellering (SPD) |
| Niedersachsen |
David McAllister (CDU) |
| Nordrhein-Westfalen |
Hannelore Kraft (SPD) |
| Rheinland-Pfalz |
Kurt Beck (SPD) |
| Saarland |
Annegret Kramp-Karrenbauer (CDU) |
| Sachsen |
Stanislaw Tillich (CDU) |
| Sachsen-Anhalt |
Reiner Haseloff (CDU) |
| Schleswig-Holstein |
Peter-Harry Carstensen (CDU) |
| Thüringen |
Christine Lieberknecht (CDU) |
Die Beeskower CDU:
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